碳源是微生物生長一類營養物，是含碳化合物。 常用的碳源有糖類、油脂、有機酸及有機酸酯和小分子醇。 根據微生物所能產生的酶系不同，不同的微生物可利用不同的碳源。 碳源對微生物生長代謝的作用主要為提供細胞的碳架，提供細胞生命活動所需的能量，提供合成產物的碳架。 碳源在制作微生物培養基或細胞培養基時有重要的作用，為微生物或細胞的正常生長，分裂提供物質基礎。 隨著廢水脫氮要求的提高，碳源的生產技術也在不斷提高，主要是通過生物工程原理，發酵一些糖類和農業廢棄物，生產無害的生物制品，其主要成分是小分子有機酸、醇類和糖類。與單一化學品相比，更容易被微生物利用，使用成本也比單一化學品便宜，因此具有極高的性價比。