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工程預算審計主要針對工程項目決算的，在一個建設項目竣工完成，建設單位與施工單位結算工程款時進行的。工程預算審計就是工程預算審核（審價），是工程預算咨詢單位咨詢業務的一部分。受業主委托對其工程項目的概算、預算及結算等，依據現行 政策法規、計價依據及相關工程技術資料對送審造價的工程量、單價及取費等進行逐項審核。在運用工程量清單計價模式進行工程預算審計工作時，可以從以下幾個方面來進行：

工程預算審計人員做好造價審計工作，必須具備良好的職業道德素養。審計工作必須以理服人，以事實為準繩，以相關法律法規，規范合同為依據，因而，審計人員要學習，不斷充實完善自己，充實自已，使審計工作能為社會創造更多的經濟效益、社會效益。

工程預算按簽證性質可以分為： ①工程經濟簽證：是指在施工過程中由于場地、環境、業主要求、合同缺陷、違約、設計變更或施工圖錯誤等，造成業主或承包商經濟損失方面的簽證。經濟簽證涉及面廣，項目繁多復雜，應嚴格控制簽證范圍和內容，把握好有關定額、文件規定。建筑工程質量檢收劃分為檢驗批、分項工程、分部工程、單位工程的質量驗收，做出程序和組織規定要求：（1）檢驗批的質量驗收記錄由施工項目專業質量檢查員填寫，監理工程師（建設單位項目專業技術負責人）組織項目專業質量檢查員等進行驗收。（2）分項工程質量應由監理工程師（建設單位項目專業技術負責人）組織項目專業技木負責人等進行驗收。

工程預算的作用： 1.工程預算是施工企業與建設單位結清工程費用的依據； 2.工程預算是施工企業考核工程成本，進行經濟核算的依據； 3.工程預算是編制概算定額和概算指標的依據。 工程預算的進行一般分為6個步驟： 1、熟悉招標相關文件與圖紙 2、查詢材料報價 3、確定勞務價格 4、工程量計算 5、組好綜合單價 造價偏差管理（1）偏差預測：對項目進行中可能出現的偏差因素進行預測與分析。（2）檢查與計算：對項目一定進度條件下的造價進行計算與檢查，得出檢查當時條件下的造價。（3）對比：對項目已完工程的預算造價與實際造價進行對比，發現造價偏差，計算出偏差值。（4）分析：對比較的結果進行分析，確定偏差幅度并找出偏差產生的原因。（5）糾偏：根據項目的具體情況和偏差分析結果，建議或采取適當的措施，使造價偏差控制在允許的范圍以內或進行項目總造價目標的調整。