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工程預算審計主要針對工程項目決算的，在一個建設項目竣工完成，建設單位與施工單位結算工程款時進行的。工程預算審計就是工程預算審核（審價），是工程預算咨詢單位咨詢業務的一部分。受業主委托對其工程項目的概算、預算及結算等，依據現行 政策法規、計價依據及相關工程技術資料對送審造價的工程量、單價及取費等進行逐項審核。在運用工程量清單計價模式進行工程預算審計工作時，可以從以下幾個方面來進行：

工程預算增加工程是“貓膩”較多的地方，究其原因，主要是設計單位設計深度不夠，建設單位責任心不強。有些承包商在“低價中標法”中不計成本得到工程后，為了彌補損失，千方百計增加工程簽證，在利益誘惑下，某些項目管理者亂簽證、補簽證現象嚴重 ，審計人員一旦認真復核，通常會發現簽證工程量與實際出入較大。安裝、裝飾及園林工程結算取定的材料單價和市場行情出入很大，有的甚至“偷梁換柱”。例如某國產燈具安裝材料套用進口材料價格，工地現場的名貴樹種規格和結算書的規格大相徑庭，通過現場勘查取證 ，工程預算水分被大大擠壓出來。

以報價的合理性以及擬簽訂合同條款與相關方面的一致性為標準對黃山工程預算控制價進行審核。主要審核方式包括兩個方面：①對報價清單的工程量與發標清單進行審核，檢驗二者的相關內容是否相互佐證、相互符合。對暫列金、暫定價、稅金、規費等內容進行審核，檢查其是否符合規定的要求。避免投標價格的不合理以及報價的不平衡現象發生。②正常程序中，黃山工程預算文件對擬簽訂承包條款具有制約性，合同價款必須依據中標文件的造價進行，因此，在黃山工程預算審核的過程中要保證擬簽訂承包條款與黃山工程預算文件之間具有一致性，合同價款與中標文件的主要造價相符。另外，對黃山工程預算的審核工作還必須注意擬簽訂合同條款的完整性，不能遺漏黃山工程預算文件要求之外的條款，并要保證其公平性，不能遺漏針對投標不平衡報價的風險控制條款，且要保證其考慮周全。對黃山工程預算控制價進行核實。主要需進行幾個步驟：①依據工程設計圖紙內容核實清單組價的消耗量。②依據核實過的消耗量定額基價及材料設備信息價核實清單綜合單價。③根據費用定額核實各項取費。在進行工程價的審核之前，要先了解把握工程圖紙的內容。然后依據具體實施過程中工作的細致程度以及所需的時間，所需的人力資源以及實際的審核人員，結合工程量與工程圖紙的難易程度進行審核方法的選擇。在進行工程量的審核方案的選取時，要依據科學、合理的原則，依據計量規則由到場的黃山工程預算審核人員進行計量。要加強技術標準在相關工作的審核中的作用。另外，對隱蔽工程的審核，如果缺乏考量的相關對象內容，可以對工程驗收記錄進行分析。

承包工程合同簽定不規范，工程結算計價難以確定。工程預算在審計過程中發現，建設、施工雙方承包工程合同簽訂不規范。在簽訂合同時不按投標文件的內容逐一填寫，尤其是建筑規模和中標價，存在少填或者不填的現象，給工程計價取費留下活口，目的是為了竣工后高報工程結算價格打下伏筆，使得原本十分嚴肅的合同失去約束作用，建設單位失去了對施工單位工程報價的有效監督，容易造成決算價格偏高。同時，給工程結算造價審核帶來難度和風險。