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工程預算竣工決算審計依據《審計法》和審計署發《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為（1）竣工決算編制依據；（2）項目建設及概（預）算執行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產；（5）尾工工程；（6）結余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結余；（9）投資效益評價。主要根據 的審計法和相關規定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。
工程預算編制過程中應用價值工程理論的特點如下：
（1）建筑產品的多樣性特點決定了工程項目應用價值理論具有普遍性。
（2）建筑生產的單件性特點決定了工程項目應用價值工程理論具有一次性。
（3）建筑產品的投資巨大、價值高昂的特點，決定了工程項目應用價值工程理論具有節約的潛力大，應用效率高等特點。
（4）建筑產品的使用壽命長的特點，決定了在工程項目中應用價值工程理論應注重測算全壽命周期費用的特點。
（5）建筑產品具有的建設周期長和勞動密集的特點，決定了在工程項目中應用價值工程理論不僅要注意提高產品的質量和功能
工程預算利用工程定額規定的工作內容進行審查，驗證工程決算工程量與定額中規定的工作內容是否一致來確定工程預算的真實性、合理性的一種審計技術方法。如某年我們對某單位一基建項目進行審計，從決算書中查出屋面防水工程子目中SBS防水以包含冷底子油的工作內容及其造價，施工單位報送的決算書中又單獨計算冷底子油子目明顯多計工程；由于SBS防水卷材鋪貼時使用的是熱熔法（北方），不需要在做瀝青膠泥粘貼，甲方簽證4mm的瀝青膠泥不屬實，SBS防水卷材在制造工藝中已含該部分內容，該建設項目工程決算重復工作內容報價、甲方違背原則不負責任簽證工程預算核減10.6萬元。
工程預算它是指審計人員在審計過各中會同被審計單位有關人員與施工單位有關人員及現場監理人員到建筑現場，對有疑點的隱蔽工程進行挖開核實工程做法與工程量、價款的方法。抽樣測定法較為直接，容易驗證出問題的真假，但是審計風險較大，所以一般在確有問題時方可實行抽樣定點的方式。例如：某年審計某項工程時，審計人員通過了解得知，該項目管道回填施工時未按設計要求進行篩土回填，且未做警示標志。經現場抽樣開挖發現有兩個標段的部分施工班組未按設計要求施工。
