分包工程竣工結算審計是分包工程全過程跟蹤審計的第三步，是對分包工程預算的終確定。分包工程預算的合理性和準確性，直接體現著分包工程的審計質量和審計成果嚴格復核結算工程量。對結算工程量要嚴格審查和準確計算，將工程量的計算及變更簽證的確認作為審計重點，注意工程量的重復和多計，增強對虛假變更簽證的辨別力。工程量的確定要依據施工圖和業主或建設單位簽發的公務通知單、設計部門的設計變更單。尤其對現場變更工程量的確認，嚴防只計增不計減，要把握住“在一般情況下，有增必有減”的原則，如果有增無減，就要查明原因。對野外偏僻的施工簽證，要有現場各級人員的簽認，否決“一言堂”簽證。

工程預算審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程預算審核以單位工種為標的，只對單位工程預算的合理負責。 審計與工程預算審核是兩個截然不同的專業學科，審計以會計師、審計師為主；而工程預算審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前 正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程預算審核，將以造價工程師為主。

施工組織設計的工程預算編制依據 (1)計劃文件，包括 批準的基本建設計劃文件、單位工程項目一覽表、分期分批投產的要求、投資指標和設備材料訂貨指標、建設地點所在地區主管部門的批件、施工單位主管上級下達的施工任務等； (2)設計文件，包括批準的初步設計或技術設計、設計說明書、總概算或修正總概算、可行性研究報告； (3)合同文件，即施工單位與建設單位簽訂的工程承包合同； (4)建設地區的調查資料，包括氣象、地形、地質和其他地區性條件等結算過程其他注意事項結算的工程量以竣工圖為準，竣工圖不清之處，預算人員要得到工程管理中心的確認或到工地現場進行實地測量；尤其對圖紙未標注、規范無特別要求，現場實際施工又提高標準的項目一定要有現場工程師文件確認并符合工程合同要求后才能給予按實結算。

時效性是建筑工程預算的基礎特性，由于事前預算和事中預算弱化，各項預算工作無法及時落實，預算結果欠缺準確性，容易在合同簽訂、招投標等環節集中爆發風險。預算法規體系是與預算有關的各項法律、條例、細則的整合，作為預算的基本依據，預算法規體系的完整度影響預算效率和質量。預算在工程預算中忽視預算法規的制定和調整，導致預算法規體系不完整，對預算對象的辨別無據可依，預算資源配置不合理，預算人員無法順利開展工作。畢節工程預算目前對建筑工程預算的理論和實踐尚未成熟，還未建立起針對建筑行業的一整套預算法規體系，預算思路落后，部分預算手段陳舊，不符合現行預算要求，在面對復雜問題時無法有效地分析和解決。要杜絕預算過程中預算人員徇私枉法、濫用職權等情況，需要健全的預算法規體系。然而我國建筑工程預算尚未具備完善的規則體系，削弱了預算報告的權威性。預算信息化建設是新時期預算工作發展的根本要求，要緩解預算人力不足矛盾，提高預算質量，就必須預算信息化水平。我國建筑工程預算仍停留在手工預算階段，電算化預算進展緩慢，硬件配置滯后，沒有確立電子數據預算查詢、分析、取證和保密制度，在預算資源共享上還沒有制定統一的標準。